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基于高通量測序發掘番木瓜果實成熟相關miRNA
關鍵詞：番木瓜 乙烯 小rna 高通量測序 果實
摘要：【目的】番木瓜是典型的呼吸躍變型果實,外源乙烯處理使番木瓜呼吸躍變提前,促進果實成熟。分離番木瓜果實成熟相關miRNA,為深入了解呼吸躍變型果實的成熟分子機制奠定基礎。【方法】利用高通量測序技術對乙烯(ETH)、1-MCP和清水對照(CG)處理的番木瓜果實進行miRNA和轉錄組高通量測序,然后對測序獲得數據進行生物信息學分析,進行miRNA鑒定和靶基因預測,并與轉錄組測序結果進行關聯分析。【結果】乙烯、1-MCP和對照處理分別獲得10734196、16486803和16067290條純凈序列,共鑒定出523個miRNA。其中,已知miRNA個數為1-MCP(303)、CG(214)和ETH(239),新miRNA個數為1-MCP(184)、CG(188)和ETH(114)。與對照相比,在乙烯處理中上調和下調表達的miRNA分別是123和72條。靶基因預測共獲得5053個靶基因,KEGG功能富集分析顯示它們參與了戊糖、葡萄糖醛酸轉換、淀粉和蔗糖代謝、卟啉和葉綠素代謝、類胡蘿卜素合成等代謝途徑。篩選出的番木瓜果實成熟衰老相關候選miRNA,包含4個果實軟化調控相關miRNA(miR167-y、miR4993-x、miR3946-x和miR5059-x)、3個果實顏色調控相關miRNA(miR4993-x、miR815-y和miR7810-x)、3個激素調控相關miRNA(miR4993-x、miR8004-x和miR9722-x)和4個轉錄因子調控相關miRNA(miR5641-y、miR9722-x、miR838-y和miR319-y)。【結論】篩選的番木瓜果實成熟衰老相關miRNA為今后果實成熟衰老調控網絡研究提供了可能的線索。
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