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牛科動物轉錄組微衛星變異分析
關鍵詞：牛科動物 轉錄組 微衛星序列 變異
摘要：微衛星(simples equencere peats, SSRs)廣泛分布于生物基因組中,是最常用的分子標記之一。本研究利用生物信息學方法搜索和統計了7種牛科動物轉錄組中完整型SSRs序列,揭示不同重復類型SSRs變異水平,并對其生物信息學特征進行比較分析。在牛科動物轉錄組中,牛、綿羊和山羊SSRs總豐度較高,三者基本一致(157.98, 157.09 vs 158.52個/Mb);其次是瘤牛和水牛(140.70 vs 129.63個/Mb);牦牛微衛星總豐度較低(96.99個/Mb),藏羚羊微衛星總豐度最低(63.71個/Mb)。牛科動物轉錄組中SSRs所占比例普遍偏低,范圍為0.156%~0.753%,三堿基SSRs占主導地位,并且以(CCG)n和(AGG)n為優勢重復基元,這可能與轉錄組編碼區三聯體密碼子高度保守有關。在這7種牛科動物轉錄組中,相同單堿基至六堿基SSRs重復拷貝數(repeat copy number, RCN)分布高度一致。通過牛科動物轉錄組SSRs變異系數(coefficient of variability, CV)分析表明,單堿基SSRs和二堿基SSRs重復拷貝數變異水平較高,其次RCN變異模式如下:三堿基SSRs>四堿基SSRs>六堿基SSRs>五堿基SSRs,六堿基SSRs重復拷貝數變異水平有稍微增加的趨勢。本研究為牛科動物SSR標記的開發、遺傳多樣性評估和遺傳育種提供科學依據。
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