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陸地棉低世代群體纖維品質QTL定位及候選基因功能注釋
關鍵詞：陸地棉 纖維品質 qtl定位 基因注釋
摘要：【目的】通過對纖維品質數量性狀位點(Quantitative trait loci,QTLs)定位及其基因功能注釋,為分子標記輔助育種提供理論依據。【方法】以2個纖維品質有差異的陸地棉品種(系)中棉所49和396289為親本構建F2群體,以高密度遺傳圖譜為基礎,對3個環境的F2:3家系做包括細度和成熟度等在內的7個纖維品質性狀QTLs定位,利用直系同源基因簇(Clusters of orthologous groups,COG)、基因本體(Gene ontology,GO)和京都基因與基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等數據庫對QTLs做基因功能注釋。【結果】獲得157個與纖維品質有關的QTLs,分布于20條染色體上,A03、A04、D02、A11和D07等有較多性狀的QTLs聚集,可能是控制纖維品質性狀的關鍵染色體。共獲得13個穩定QTLs,其中qFL-A03-1和qFin-A11-4在3個環境中重復出現,另有9個QTLs則在2個環境中重復出現。通過COG、GO和KEGG對QTLs進行基因功能注釋,共獲得4 763個候選基因,3個數據庫分別注釋到2 416、4 188和2 512個基因,在穩定QTLs中共注釋到429個基因,其中一些基因可能與纖維品質關系密切。【結論】利用高通量測序獲得的高密度遺傳圖譜有助于獲得較多QTLs,有利于纖維品質相關候選基因的篩選及性狀的改良,提高育種效率。
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