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中國大陸地區H9亞型禽流感病毒時空進化分析
關鍵詞：h9亞型禽流感 中國大陸地區 進化分析
摘要：目的從分子水平研究中國大陸地區H9亞型禽流感病毒的起源、進化和地理擴散情況,為禽流感的防控提供科學依據。方法從全球公共流感病毒數據庫收集中國大陸地區的H9亞型禽流感病毒HA基因序列,通過對下載的序列進行比對和聚類篩選,得到1997—2018年180株含有準確采樣信息的序列,使用BEAST等生物信息學軟件分析病毒選擇壓力、構建貝葉斯法時間進化樹以及重建病毒進化時空動態。結果序列的核苷酸差異在0.2%~20.7%之間,氨基酸的差異在0.0%~15.8%之間。編碼區的核苷酸替代率分別為:0.540、0.607和1.853。非同義突變率與同義突變率的比值的平均值為0.1789,但是在7個位點上比值大于1。HA基因的平均進化替代率為2.476×10^-3替換/位點/年,最早的公共祖先出現在1947.457年。構建的基因進化樹的拓撲結構分為多個分支,根節點最有可能的位置是廣東省,后驗概率為21.7%。基于目前數據的時空動態分析顯示,1959—2018年間病毒從廣東傳播到安徽,再到廣西、江蘇,再以江蘇為中心向周邊多個省份傳播,最后在多個省份之間出現傳播。其中江蘇傳出的6條路徑具有統計學支持。結論H9亞型禽流感病毒出現的時間可能比國內最早報導的早很多,在中國多個省份之間傳播擴散情況復雜,江蘇省是傳播擴散的一個重要中心。
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